No tendrás algo que te esté dejando logs a mansalva en el /home? Hace algún tiempo mi home iba menguando en espacio a un ritmo que no era normal y no cuadraban las cosas. Era cuestión de archivos de log (texto, si, texto) enormes, entre los que se incluyen ~/.xsession-errors.

Usando Filelight, puedes ver que carpetas y archivos ocupan más espacio de una forma gráfica y sencilla.