http://www.debian.org/releases/stable/amd64/release-notes/ch-upgrading.en.html#expected-removals
y de ahi, http://www.debian.org/releases/stable/amd64/release-notes/ch-upgrading.en.html#obsolete
pero no se mencionan los paquetes que dices; quiza esos se te han eliminado por algun conflicto con otra cosa, o algo.