Sobre formatear o arreglar desastres, a mí siempre me ha salvado testdisk (o directamente fdisk).

Sobre las imágenes, yo normalmente uso unetbootin pero por ejemplo no vale para sysresccd, ése necesita su procedimiento particular.

Durante un tiempo usé MultiSystem pero hace tiempo que no lo uso.

¿No será problema de esa memoria USB en particular, que tiene sectores defectuosos o algo así? Haz un dmesg cuando la pinchas, o a ver lo que dice testdisk.