OWL API http://owlapi.sourceforge.net/ 10年前からあるはずのオントロジー操作の老舗で現在は3.4.10。推論エンジンとのインターフェイスがある。メモしてなかったのはJavaのプログラムで呼び出すためのライブラリで単独ツールがないからかな