@Panko Me acabo de fijar de que baobab (pero creo que también Filelight) tiene un pequeño defectillo: te dice gráficamente qué carpetas ocupan más. Y eso está bien... Pero, ya que están y puesto que sólo hace eso el programa (es un programa muy especializado), podrían estirarse y extenderlo también a nivel de archivo. No ya por mí, sino por quienes la consola ni pa.

Si te indica el tamaño sólo a nivel de carpeta cuesta trabajo encontrar dónde está realmente el problema en muchas ocasiones. Como en este caso. Era un archivo de log que estaba en el directorio raíz explorado. Como sólo te da el tamaño total del directorio raíz, y este directorio tiene subdirectorios, no sabes si el espacio de más está en el directorio o en alguno de los muchos subdirectorios. Bueno, obviamente si sólo tienes dos directorios dentro del directorio raíz es fácil deducirlo a simple vista. Pero si tienes cientos de directorios dentro del directorio padre... ponte a sumar sus respectivos pesos, para ver si hay diferencia y, así, el problema está en el padre o no. En resumen: que sirve para ver qué pesa cada carpeta padre... pero en ningún momento sabes qué pesan los archivos de cada subcarpeta, sin incluir a sus carpetas contenidas.
Mejor para estos casos una lista más exhaustiva.